Верхне-Пенский сельский Совет рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов (РК и КД) стал действовать ориентировочно в 1920 году после освобождения села Верхние Пены от оккупации германскими войсками в 1918 году и войсками Добровольческой армии (корниловскими частями) в 1919 году, когда согласно постановлению СНК от 24 декабря 1917 года в стране Советов начали организовываться первые Советы РК и КД. Он являлся исполнительным и распорядительным органом власти на селе.
Постановлением ВЦИК от 27 апреля 1923 года было утверждено новое административно-территориальное деление уездов и волостей Курской губернии; Верхне-Пенский сельский Совет рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов (село Верхние Пены) значится в Пенской волости Обоянского уезда Курской губернии.
Декретом ВЦИК от 12 мая 1924 года «Об административном делении Курской губернии» Обоянский уезд упразднен, Пенская волость полностью вошла в состав Борисовского уезда. В результате Верхне-Пенский сельский Совет рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов значится в Пенской волости Борисовского уезда Курской губернии.
Декретом ВЦИК от 1 июня 1925 года Борисовский уезд переименован в Грайворонский, центр его переведен из сл. Борисовка в г. Грайворон. Верхне-Пенский сельский Совет рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов значится в Пенской волости Грайворонского уезда Курской губернии.
В 1928 году упразднено старое административно-территориальное деление на губернии, уезды, волости, введено новое – на области, округа, районы. 14 мая 1928 года Постановлением ЦИК и СНК СССР на территории бывших губерний образована Центрально-Черноземная область (центр – г. Воронеж), а 30 июля 1928 года утверждена сеть районов. Грайворонский уезд Курской губернии полностью вошел в Белгородский округ ЦЧО. С 30 июля 1928 года территория ерхне-Пенского сельского Совета РК и КД Пенской волости Грайворонского уезда Курской губернии вошла в состав Ракитянского района Белгородского округа Центрально-Черноземной области.
Согласно справочника «Населенные пункты ЦЧО» в 1932 году в Верхне-Пенском сельсовете числится два населенных пункта с проживающим в них населением: с. Верхние Пены (3434 чел.), х. Красный (202 чел.).
Постановлением Президиума ВЦИК РСФСР 13 июня 1934г. Центрально-Черноземная область упразднена, территория Верхне-Пенского сельского Совета рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов вошла в состав Ракитянского района Курской области, сельский Совет стал называться Вышнепенским.
Конституцией 1936 года Советы РК и КД переименованы в Советы депутатов трудящихся. Вышнепенский сельский Совет депутатов трудящихся и его исполнительный комитет (орган власти) действовал до фашистской оккупации территории Ракитянского района 21 октября 1941 года.
Вышнепенский сельский Совет депутатов трудящихся и его исполнительный комитет Ракитянского района Курской области возобновил свою деятельность в марте 1943 года после освобождения района от немецко-фашистских захватчиков.
В январе 1954 года из Курской области была выделена Белгородская область, Вышнепенский сельский Совет и его исполнительный комитет вошли в состав Белгородской области.
В июне 1954 года в связи укрупнением сельских Советов на основании Указа Президиума Верховного Совета РСФСР от 16 июня 1954 года №744/51 «Об объединении сельских Советов Белгородской области» Вышнепенский сельский Совет объединен с Нижнепенским сельским Советом в один Нижнепенский сельский Совет депутатов трудящихся и его исполнительный комитет Ракитянского района Белгородской области с центром в с. Нижние Пены.
Согласно справочникам административно-территориального деления Белгородской области:
- - в 1959 году на территории Нижнепенского сельского Совета имелось 3 населенных пункта: с. Вышние Пены, п. Нижние Пены (центр), п. Никольский;
- - в 1972 году на территории Нижнепенского сельского Совета имелось 3 населенных пункта: с. Вышние Пены, с. Нижние Пены (центр), п. Никольский.
С 7 октября 1977 года в соответствии с новой Конституцией Нижнепенский сельский Совет депутатов трудящихся и его исполнительный комитет стал называться Нижнепенский сельский Совет народных депутатов и его исполнительный комитет.
В связи с прекращением в декабре 1991 года деятельности исполнительных комитетов Советов народных депутатов 25 декабря на базе исполнительного комитета Нижнепенского сельского Совета народных депутатов образована администрация Нижнепенского сельсовета Ракитянского района Белгородской области.
Решением тринадцатой сессии Белгородского областного Совета народных депутатов двадцать первого созыва от 11 февраля 1992г. вновь образован Вышнепенский сельсовет с центром в селе Вышние Пены.
На основании Указов Президента РФ от 21 сентября 1993 года «О порядке поэтапной конституционной реформы Российской Федерации» и от 9 октября 1993 года № 1617 «О реформе представительной власти и органов местного самоуправления в Российской Федерации» и по решению внеочередной сессии Вышнепенского сельского Совета полномочия Вышнепенского сельского Совета народных депутатов прекращены и с 15 октября 1993 года стала действовать Вышнепенская сельская администрация Ракитянского района Белгородской области.
Вышнепенская сельская администрация являлась исполнительным и распорядительным органом, подчинялась администрации Ракитянского района Белгородской области.
Законом Белгородской области «О муниципальных образованиях в Белгородской области» от 21 июня 1996 г. №59 определены правовые вопросы образования, объединения, преобразования и упразднения муниципальных образований Белгородской области, установления и изменения их границ и наименований. В соответствие с Законом Белгородской области от 6 февраля 1997г. №105 «Об административно-территориальном устройстве Белгородской области» определено административное деление области; 6 февраля 1997 года Вышнепенская сельская администрация реорганизована в администрацию Вышнепенского сельского округа, в состав которого входит один населенный пункт – село Вышние Пены (центр).
По статистическим данным в 1997 году в Вышнепенском сельском округе имеется 1 населенный пункт с числом хозяйств и численностью населения в нём - с. Вышние Пены (372, 946).
Законом Белгородской области от 20 декабря 2004 года №159 «Об установлении границ муниципальных образований и наделении их статусом городского, сельского поселения, городского округа, муниципального района» установлены границы муниципальных образований с наделением их статусом городского, сельского поселения, городского округа и муниципального района». В составе муниципального образовании «Ракитянский район» образовано «…Вышнепенское сельское поселение, административным центром которого является село Вышние Пены и граница которого проходит с северо-восточной стороны по границе муниципального образования «Ракитянский район» и муниципального образования «Ивнянский район»; с восточной стороны проходит по реке Ракита; с южной стороны проходит от урочища Дубинка к балке Ультинский Яр, далее к урочищу Церковное, затем по его восточной стороне; с западной стороны проходит по балке Большой Лог, по полезащитной лесополосе к реке Пена…»
В Законе Белгородской области от 15 декабря 2008 года N 248 «Об административно-территориальном устройстве Белгородской области» устанавлен порядок административно-территориального устройства Белгородской области, виды административно-территориальных единиц, порядок изменения статуса населенных пунктов, расположенных на территории Белгородской области и сказано, что перечень муниципальных образований, находящихся в Белгородской области, их границы и статус определяются законом Белгородской области от 20 декабря 2004 года N 159 "Об установлении границ муниципальных образований и наделении их статусом городского, сельского поселения, городского округа, муниципального района".
За период 1918-2018гг. исключенных из учета населенных пунктов Вышнепенского сельского Совета, администрации Вышнепенского округа, поселения не имеется.
