Название свое село получило в честь княгини Зинаиды Юсуповой. Образовано во второй половине XIX века князем Юсуповым как слобода, населенная крестьянами с.Рыбинские Буды Обоянского уезда.
По данным Курской губернской канцелярии, в 1862 г. «…Зинаидина (Зеневка) - владельческая деревня при р. Ракита, 75 дворов, 247 лиц мужского пола и 251-женского».
В 1884 г. - 112 дворов, 737 жителей (378 мужчин и 359 женщин), грамотных - 11 мужчин и 1 женщина. Общий надел - 668,3 десятины.23 жителя занимались местным промыслом, 59 – отхожим».
В 1905 г. жители села принимали участие в забастовке вместе с рабочими сахарного завода сл. Ракитной.
В 1930 г. на территории села было организовано три колхоза: «Нива», «Новая жизнь» и «13 лет Октября». В 1935 образован хлебо-приемный пункт "Заготзерно" (сейчас ОАО «Зинаидинское хлебоприемное предприятие»).
В 1941 г. перед немецкой оккупацией склады вместе с зерном были уничтожены. В 1943 г. после освобождения района отстроены склады.
В 1951 г. смонтирована первая сушилка "Кузбасс", электростанция, контора, и т.д. Приемка зерна была полностью механизирована. Коллектив ХПП неоднократно признавался победителем всероссийских и областных соревнований.
Зинаидовский сельский Совет рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов (РК и КД) стал действовать ориентировочно в 1918 году, когда согласно постановлению СНК от 24 декабря 1917 года начали организовываться первые Советы РК и КД. Он являлся исполнительным и распорядительным органом власти на селе.
Постановлением ВЦИК от 27 апреля 1923 года было утверждено новое административно-территориальное деление уездов и волостей Курской губернии; Зинаидовский сельский Совет рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов (деревня Зинаидовка) значится в Ракитянской волости Грайворонского уезда Курской губернии .
Декретом ВЦИК от 12 мая 1924 года «Об административном делении Курской губернии» Грайворонский уезд упразднен, Ракитянская волость полностью вошла в состав Борисовского уезда. В результате Зинаидовский сельский Совет рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов значится в Ракитянской волости Борисовского уезда Курской губернии.
Декретом ВЦИК от 1 июня 1925 года Борисовский уезд переименован в Грайворонский, центр его переведен из сл. Борисовка в г. Грайворон. Зинаидовский сельский Совет рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов значится в Ракитянской волости Грайворонского уезда Курской губернии.
В 1928 году упразднено старое административно-территориальное деление на губернии, уезды, волости, введено новое – на области, округа, районы. 14 мая 1928 года Постановлением ЦИК и СНК СССР на территории бывших губерний образована Центрально-Черноземная область (центр – г. Воронеж), а 30 июля 1928 года утверждена сеть районов. Грайворонский уезд Курской губернии полностью вошел в Белгородский округ ЦЧО. С 30 июля 1928 года Зинаидовский сельский Совет РК и КД значится как Зинаидинский и входит в состав Ракитянского района Белгородского округа Центрально-Черноземной области.
Согласно справочника «Населенные пункты ЦЧО» в 1932 году в Зинаидовском сельсовете числится три населенных пункта с проживающим в них населением: с. Зинаидино (1389 чел.), с.в. Зиневский (29 чел.), п. Нива (213 чел.).
Постановлением Президиума ВЦИК РСФСР 13 июня 1934г. Центрально-Черноземная область упразднена, территория Зинаидовского сельского Совета рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов вошла в состав Ракитянского района Курской области.
Конституцией 1936 года Советы РК и КД переименованы в Советы депутатов трудящихся. Зинаидинский сельский Совет депутатов трудящихся и его исполнительный комитет (орган власти) действовал до фашистской оккупации территории Ракитянского района 21 октября 1941 года.
Зинаидинский сельский Совет депутатов трудящихся и его исполнительный комитет Ракитянского района Курской области возобновил свою деятельность в марте 1943 года после освобождения района от немецко-фашистских захватчиков.
В январе 1954 года из Курской области была выделена Белгородская область, Зинаидинский сельский Совет и его исполнительный комитет вошли в состав Белгородской области.
В июне 1954 года на основании Указа Президиума Верховного Совета РСФСР от 16 июня 1954 года в связи укрупнением сельских Советов Зинаидинский сельский Совет объединен с Псковским сельским Советом в один Псковский сельский Совет депутатов трудящихся и его исполнительный комитет Ракитянского района Белгородской области.
12января 1956 года Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 12 января 1956 года Псковский сельский Совет депутатов трудящихся переименован в Зинаидинский сельский Совет депутатов трудящихся.
Согласно справочникам административно-территориального деления Белгородской области:
- - в 1959 году на территории Зинаидинского сельского Совета имелось 5 населенных пунктов: с. Зинаидино (центр), п. Кировское отделение совхоза, п. Красный, п. Нива, п. Нижне-Пенский;
- - в 1972 году на территории Зинаидинского сельского Совета имелось 5 населенных пунктов: с. Зинаидино (центр), п. Зиневский, п. Красный, п. Нива, п. Нижнепенский.
С 7 октября 1977 года в соответствии с новой Конституцией Зинаидинский сельский Совет депутатов трудящихся и его исполнительный комитет стал называться Зинаидинский сельский Совет народных депутатов и его исполнительный комитет.
В связи с прекращением в декабре 1991 года деятельности исполнительных комитетов Советов народных депутатов 25 декабря на базе исполнительного комитета Зинаидинского сельского Совета народных депутатов образована администрация Зинаидинского сельсовета Ракитянского района Белгородской области.
На основании Указов Президента РФ от 21 сентября 1993 года «О порядке поэтапной конституционной реформы Российской Федерации» и от 9 октября 1993 года № 1617 «О реформе представительной власти и органов местного самоуправления в Российской Федерации» и по решению внеочередной сессии Зинаидинского сельского Совета полномочия Зинаидинского сельского Совета народных депутатов прекращены и с 15 октября 1993 года стала действовать Зинаидинская сельская администрация Ракитянского района Белгородской области.
Зинаидинская сельская администрация являлась исполнительным и распорядительным органом, подчинялась администрации Ракитянского района Белгородской области.
Законом Белгородской области «О муниципальных образованиях в Белгородской области» от 21 июня 1996 г. №59 определены правовые вопросы образования, объединения, преобразования и упразднения муниципальных образований Белгородской области, установления и изменения их границ и наименований. В соответствие с Законом Белгородской области от 6 февраля 1997г. №105 «Об административно-территориальном устройстве Белгородской области» определено административное деление области; 6 февраля 1997 года Зинаидинская сельская администрация реорганизована в администрацию Зинаидинского сельского округа, в состав которого входят следующие населенные пункты: с. Зинаидино, п. Красный, п. Нива, п. Нижнепенский, п. Зиневский.
По статистическим данным в 1997 году в Зинаидинском сельском округе имеется 5 населенных пунктов с числом хозяйств и численностью населения в них: с. Зинаидино (251, 702), п. Зиневский (101, 241), п. Красный (20, 38), п. Нива (5, 8), п. Нижнепенскнй (9, 23).
В соответствие с постановлением Белгородской областной Думы от 29 марта 2001г. №24 «Об изменении административно-территориального деления Ракитянского района Белгородской области» из состава Зинаидинского сельского округа выделен п. Зиневский, вошедший в состав образованного Совхозного сельского округа (ныне Центрального сельского поселения) Ракитянского района.
Постановлением Белгородской областной Думы от 10 июля 2001г. №33 «Об административно-территориальном устройстве Ракитянского района Белгородской области» внесены следующие изменения в статус населенных пунктов Зинаидинского сельского округа с центром в селе Зинаидино: поселок Нива на хутор Нива, п. Красный на хутор Красный, поселок Нижнепенский на хутор Нижнепенский.
Законом Белгородской области от 20 декабря 2004 года №159 «Об установлении границ муниципальных образований и наделении их статусом городского, сельского поселения, городского округа, муниципального района» установлены границы муниципальных образований с наделением их статусом городского, сельского поселения, городского округа и муниципального района». В составе муниципального образовании «Ракитянский район» образовано «…Зинаидинское сельское поселение, административным центром которого является село Зинаидино, в границах которого находятся хутора Нива, Красный, Нижнепенский и граница которого проходит с северной стороны от урочища Ольшанское до вершины балки Большой Лог; с северо-восточной стороны проходит по границе Вышнепенского сельского поселения; с восточной стороны проходит по границе Венгеровского сельского поселения; с южной стороны проходит от хутора Первомайский между селами Зинаидино и Новозинаидинское, по юго-западной стороне урочища Платово 1; с западной стороны проходит по границе Бобравского сельского поселения..»
В Законе Белгородской области от 15 декабря 2008 года N 248 «Об административно-территориальном устройстве Белгородской области» устанавлен порядок административно-территориального устройства Белгородской области, виды административно-территориальных единиц, порядок изменения статуса населенных пунктов, расположенных на территории Белгородской области и сказано, что перечень муниципальных образований, находящихся в Белгородской области, их границы и статус определяются законом Белгородской области от 20 декабря 2004 года N 159 "Об установлении границ муниципальных образований и наделении их статусом городского, сельского поселения, городского округа, муниципального района".
За период 1918-2018гг. исключенных из учета населенных пунктов Зинадинского сельского Совета, администрации Зинаидинского округа, поселения не имеется.
